La Dirección Nacional es la instancia ejecutiva de la Pastoral Social Nacional.

El Director Nacional, según los Estatutos, es el representante legal del Organismo (SNPS/CC), responsable directo de la ejecución de las disposiciones de la Comisión Episcopal de Pastoral Social y Caritativa.

El director nacional es el presbítero Mons Hector Fabio Henao Gaviria, quien es también representante de la Entidad en las relaciones nacionales, internacionales e interconfesionales.

Desde la Dirección Nacional del SNPS/CC se animan procesos en las jurisdicciones eclesiásticas del país, donde funcionan los Secretariados Diocesanos de Pastoral Social (SEPAS), que se encargan de la animación, coordinación e impulso de la Pastoral Social en el nivel local.

Los SEPAS están bajo la dirección del obispo del lugar y cada jurisdicción tiene autonomía.  A su vez los SEPAS son los encargados de animar la conformación de los Comités Parroquiales de Pastoral Social (COPPAS).